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중요 메일메일 제목조정지역 종부세 ‘갈아타기’ 특례 3년→2년
2026.09.30 잠실 김세빈 공인중개사무소
국무회의 의결…양도세도 단축·종부세 내년분부터임대아파트 세혜택 기한 설정…지방 미분양 지원 연장
이재명 대통령이 29일 청와대에서 열린 국무회의에서 발언하고 있다. [청와대통신사진기자단]


조정대상지역에서 집을 갈아타는 일시적 2주택자의 종합부동산세·양도소득세 특례 기간이 3년에서 2년으로 줄어든다. 등록 임대아파트의 세제 혜택에도 종료기한이 생긴다.

정부는 29일 이재명 대통령 주재로 열린 제42회 국무회의에서 이런 내용의 소득세법·종합부동산세법 등 시행령 개정안을 심의·의결했다. 지난 8월 발표한 세제개편안의 후속 조치로, 다음 달 1일 공포·시행될 예정이다.

기간 단축 대상은 기존 주택과 새로 취득하는 주택이 모두 조정대상지역에 있는 일시적 2주택자다. 새 집을 산 뒤 2년 안에 기존 집을 팔아야 1세대 1주택 특례를 유지할 수 있다. 종부세 기본공제와 고령자·장기보유 세액공제, 양도세 비과세 등과 연결되는 요건이다.

종부세는 지난 8월 4일 이후 새 주택을 취득하고 내년 6월 1일 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. 양도세 역시 8월 4일 이후 새 주택을 취득해 다음 달 1일 이후 기존 주택을 양도하는 경우부터다. 다만 8월 3일까지 새 주택을 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 지급했다면 종전 3년을 적용한다.

조정지역 매입임대 아파트의 양도세 중과 배제와 법인세 추가 과세 배제는 원칙적으로 내년 말까지만 유지한다. 의무임대기간이 남았거나 재건축·재개발이 진행 중인 경우에는 별도 기한을 둔다. 임대사업자가 거주하는 주택의 양도세 1세대 1주택 특례는 등록말소일부터 5년간 유지하기로 했다.

임대료 인상률을 5% 이내로 제한해 2년간 임대한 상생임대주택의 양도세 거주요건 면제 특례는 올해 말 종료한다. 다만 상생임대 종료 후 1년 이내 양도한 주택에는 최장 2029년 말까지 거주요건 면제를 적용한다. 올해 말까지 임대기간이 끝난 경우에는 내년 말까지 양도해야 혜택을 받는다.

비수도권 준공 후 미분양주택은 종부세·양도세 산정 때 주택 수에서 제외하는 특례의 적용기한을 내년 말까지 1년 늘린다. 기업구조조정 리츠가 비수도권 준공 후 미분양주택을 매입할 때 받는 종부세 합산배제·법인세 추가 과세 배제 혜택도 내년 말 취득분까지 적용한다.